Discovery Studio 2021是一款非常强大的化学实验软件。其主要特点是为用户在编辑化学教程时提供更多的模型和图纸设计解决方案。它允许您通过高质量图形、多年经过专业验证的技术和集成环境轻松创建各种高精度3D 分子模型。

【软件功能】

1、基本界面及显示模块

1.Discovery Studio独立版

可视化界面是使用该软件进行分子设计和模拟的基础，该软件支持安装在同一台机器上的服务器-客户端操作模式。与Pipeline Pilot Server结合，提供化学/生物数据显示、模拟/分析、3D分子构建、动态变化显示、3D绘图等多种功能。

2. 可视化客户端

这是服务器-客户端操作模式下客户端的可视化界面，用于访问和使用服务器端软件。为了向用户提供无与伦比的数据、工作流程和计算资源共享，您需要使用在服务器端配置的Pipeline Pilot Server。

2. 蛋白质模拟模块

1.DS建模器

使用行业标准的快速同源建模技术，自动快速生成优化的蛋白质同源模型，只要未知的结构序列与另一个具有已知三维结构的蛋白质进行比对即可。 MODELER 是蛋白质家族靶标发现和功能结构分析的理想解决方案。 MODELER 还可用于模拟蛋白质突变、执行环区域建模和基于结构的比较，以及构建包括配体结合在内的蛋白质结构模型。与序列分析模块结合使用时，抗体环区域的建模可以完全自动化。 MODELER 与软件内的模拟和基于结构的药物设计功能模块相结合，还可用于深入研究蛋白质结构-功能关系。

2.DS蛋白精炼

使用CHARMm 优化建模蛋白质的侧链和环区域，以提高蛋白质模型的准确性。

3. DS 蛋白质健康

评估蛋白质3D结构合理性的工具。 Protein Health模块使用Profiles 3D方法，通过将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外部环境进行比较，建立相关结构特性和氨基酸序列信息之间的关系。通过Protein Health模块的分析，用户可以轻松快速地发现蛋白质结构中不合理的区域。

4. DS蛋白家族

通过分析特定蛋白质家族三维结构中蛋白质序列的保守模式和保守残基的位置，我们可以在分子水平上更深入地了解蛋白质的功能机制。 Protein Families 简单易用的方案还可以指导用户逐步分析蛋白质家族，从序列或结构比较到进化跟踪分析。进化跟踪分析涉及使用分层聚类技术构建蛋白质家族的树状图，并将所得的功能注释信息绘制到三维结构上。执行序列比对时，您可以选择对比对结果添加约束，以改善活性位点中关键残基的比对。

5.DS序列分析

与具有已知功能的其他蛋白质的序列进行比较是确定特定蛋白质的生物学功能的第一步。序列分析还允许用户通过常见的BLAST 和PSI-BLAST 算法搜索本地或NCBI 在线数据库，以确定蛋白质序列的同源区域。结果以交互式报告格式显示，便于进一步分析和在其他模块中使用。当您使用Blast搜索PDB或PDB_nr95数据库时，结果文件中可以显示输出蛋白质的SCOP ID、配体ID和X射线分辨率等信息。